1. Обновиться до Apex 4 и использовать обновленные варианты дерева там. Минус, что состояния ветвей не запоминаются и если в дереве много значений, страница будет загружаться медленнее, поскольку все значения хранятся на странице+нет шаблонов.
2. Для версии 3.x искать варианты реализации дерева на основе Ajax.
У самого есть кое-какие наработки, но там много кода и решения далеки от идеальных. (для динамической конвертации того самого дерева в ajax, правда будет выложить не просто)
Еще встречал какой-то пакет, который реализует всё дерево с 0, не понравилось что там html и sql - все в перемешку, и шаблоны html не так-то просто поменять.

А самым лучшим вариантом будет обновить Apex и ждать, когда появятся решения на основе Plugin's, вроде этого
http://blog.theapexfreelancer.com/2011/03/ext-js-tree-plugin-coming-very/