vladimir74,
Простынь про наш опыт ERP и всего прочего на Apex:
Свой темплейт это хорошо. Мы одну из базовых темок(theme 20) допилили под себя и без особых трудозатрат переносили её с версии 3.2 на 4, потом на 4.2, потом на 5.0. И делаем новую версию на базе Universal theme.
Не всё правда получится кастомизировать - например нет шаблонов IR, приходится поверх CSS и JS делать. Мы вот справились и с фиксацией заголовка, и с фиксацией столбца, в том числе для Break On, Group By, чего апекс до сих пор не сделал. И по мелочи подокручивали стилями. При этом мы не спецы в JS+CSS (особенно на момент начала разработки). Но в процессе доработки очень жалели, что нет возможности добавить пару тегов в IR.
По идее с IG обещали больше кастомизации, вроде там данные в JSON отдаются, но не уверен, к сожалению нет пока времени разобраться. Но в текущем варианте он мне не понравился совершенно из-за кучи мелких недоделок.
Табулар форм мы не пользуемся (вроде б тоже без шаблона отдельного), так сложилось исторически. Используем либо гриды c apex_item или PL/SQL Dynamic Regions, где дергаем процедуру, а в процедуре через htp.p делаем нужный вывод. Соответственно тогда надо писать много джаваскрипта, стилей, хтмл, но всё реально)

Активно используем Dynamic Actions и apex.server.proccess, что избавляет от бесконечных перезагрузок и позволяет сделать взаимодействие с программой гораздо приятней.

Очень не хватает рефреша дерева без перезагрузки страницы, который релиз ждём. Пришлось сделать плагин со своим деревом, зато с рефрешом и подгрузкой узлов асинхронно по требованию.
Существуют некоторые проблемы с вёрсткой сложных и красивых форм. Всё решаемо стилями и шаблонами, но надо подумать) Рекомендую попробовать в прототипе сверстать именно сложную форму. Очень радует плагин Select2, решает ряд проблем.
Были некоторые проблемы в комбинации компонентов вроде: Всплывашка, на ней вкладки, в одной из вкладок IR. Причём очень расстраивает, когда это стандартные компоненты в штатной теме.
Много времени (т.к. не додумали при проектировании) потратили на разработку страницы с фиксированной высотой в один экран и 3 секциями: Слева дерево, справа сверху IR Мастер, снизу на вкладках IR детейлы. Опять же много ошибок выловили в комбинации компонентов, их реакцию на ресайз окошка.

Если что-то из-за ограничений Java в самом Оракле не получается сделать (очень актуально на 10-ке было), то вполне можно написать на джаве веб сервис и дергать его. Отчёты делаем на apache poi на Java в базе.

Из существенных ограничений - мы не смогли организовать беспроблемную работу в нескольких вкладках под одной сессией - но вроде всё реально, если меньше полагаться на значения в сессии. Правда сейчас вроде появились подвижки в клонировании сессий, может удастся выкрутиться и попроще. Возможны проблемы с кнопкой "Назад".
Friendly Url не делали и не собираемся пока для этого надо как-то напрягаться, т.к. по-моему для приложения с 1000 страниц достаточно помнить только адрес для входа, а его сделать простым не сложно.

Если есть какие-то конкретные вопросы - постараюсь ответить.