Если я все правильно понимаю, то в случае, если кнопки созданы как прочие Items, то есть "Create a button displayed among this region's items" (при редактировании страницы, они видны в регионе Items, а в регионе Buttons, у них есть пометка Item), то для того, чтобы кнопка перешла на новую строку, надо поставить галочку в поле Beginning on New Line .
В случае "Create a button in a region position" , кнопки будут расположены там, где их задумали расположить интийцы-разработчики.

Как вариант, создаешь еще один регион с параметром в User Interface
Column=2
И кнопки распологаешь уже там.
А align="right" я так понимаю относится к выравниванию.