Есть в новых деревьях в апексе такое свойство "icon". В версии 4.0 текст, который был туда прописан рендерился как
в 4.1
Если в 4.0 это свойство можно было обработать в CSS, то в 4.1 - проблематично
Может кто подскажет, как вешать классы на ветки дерева ?

ArtManБыла проблема, нужно было скрыть картинку узла.
Сделали через css
.tree ul ins {
display : none !important;
}

Я думаю, решить вашу задачу можно через jQuery, для селектора добавлять класс после загрузки страницы.
В 4.0 картинка скрывается стилем .no_icon{display:none!important;} , в 4.1 по ходу нужно яваскриптом анализировать содержимое background-image:url и скрывать картинку если там прописано определенное значение, решение больше похоже на костыль, мож кто чего красивее подскажет ?