Санжар,

apache tomcat или mod_plsql ?

для начала, локализуйте проблему, слишком неопределенно.

Сервер в этот момент загружен чем-нибудь, диск / процессор ?
apex debug время отдачи нормальное показывает ?
А может у клиента касперский стоит и железо слабенькое, и тормозит не на сервере, а у клиента ?

Санжарадмины говорят нет, значит не загружен

В таких случаях говорят, доверяй, но проверяй.

Клиента стоит проверить, другие сайты не всегда показатель.
Какой браузер стоит, кроме ie там пробовали что-нибудь ?
И если есть туда доступ, гляньте сетевой монитор в браузере что показывает, сколько секунд ожидания и на что. Например, opera dragonfly умеет выделять время ожидания сети от остального времени, которое тратится на запрос, firefox firebug я думаю, тоже.
Томкат не использовал, для него должны быть тулзы, которые показывают время ответа.
Погуглите по Tomcat Performance Monitoring.