a_voronin,

чисто интуитивное IMO: логируются базы как основные обьекты, попробуйте обеспечить полную идентичность обьектов на уровне базы, а не только кубов (и структур корневых измерений, т.к. в логе идёт отображение с точностью до каждого атрибута), проще всего это сделать через import решения в VS, но еще более элементарный вариант возможно будет подключение из VS напрямую к базе и выполнение нужных операций там на живом соединении, или через тот-же SSMS и потом импорт в VS
если проблема в частичном изменении при несовпадающих обьектах то после выполнения создания агрегаций (Usage-based с коррекциями в ручную) можно заскриптовать нужную ветвь (напр. только куб, или только MG) в XMLA и переложить на новое решение, потом импорт в VS
п.с. при существенных структурных изменениях логирование часто слетает (запарывается из-за потери связи между данными в базе и структурой) и нужно ждать обновления статистики.. (пару дней напр.)