>>Как лучше построить схему: чтобы сотрудники и отделы были в разных размерностях или объединить их в иерархию? Тогда во втором случае не будет ли проблем если сотрудник перешел из отдела в отдел или числится более чем в одном отделе?
Заранее спасибо.


Если ты про структуру данных, то конечно, лучше сделать две таблицы. А в третьей пишешь связи. Тогда ты очень просто получишь и иерархию и отдельные измерения. И никаких проблем.

>> А если я буду делать на ее основе куб, то что получается что отдел будет присутствовать как отдельное измерение, так и как уровень измерения сотрудник?


Делай так как нравится. Главное чтоб удобно было. Отделы по сотрудникам или сотрудники по отделам, или просто сотрудники без отделов... или и то и другое.