>Для реляционного хранилища
>А как выходят из такой ситуации другие
>Ведь не я же один такой :)

Есть несколько способов:
1. Если для уровня отсутствуют значения, то вводить фиктивные значения и таким образом сбалансировать измерения.
2. Использовать таблицу со структурой child_id – Parent_id
3. Использовать модель "граф" с выделенной таблицей связей

P.S. Этот список конечно не полный…

У каждого из данных подходов есть свои плюсы и минусы.
Для правильного выбора необходим анализ Вашей предметной области.