Ну да.
Но говорить, что первая система работает с багами - не правильно. Там есть, разумеется, разные баги (как и в навике))), но та система работает так, как её запроектировали. И сам по себе такой подход тоже имеет право на жизнь, хоть и не соответствует требованиям фин учета.

А для "выравнивания" данных надо потратить кучу усилий. И выравнивать надо не только справочники, но и факты.
И если нет хранилища, в котором есть данные из двух систем - я не представляю, как можно искать и исправлять расхождения.
Вручную в екселях - теоретически можно, но... Не верю я в такое.