1. У вас в зоне очистки (stage) постоянно данные хранятся, или это как папка темп, которая вычищается постоянно до или после ETL?

у нас временно, просто мусорка, куда сваливаются все данные, чтобы как можно быстрее освободить источники и каналы связи, а дальше спокойненько разгребаем, никому не мешая
перед заполнением делаем truncate
однако каждый раз после работы ЕТЛ, успешной или нет, мы делаем бекап. Бекапы хранятся пару недель потом перезаписываются. Поэтому в случае необходимости разбора полетов можно отресторить и посмотреть что там было в stage
2. Какими пользуетесь соглашениями по именованию таблиц и колонок? русский или английский язык?
За время эксплуатации накопился достаточный словарь. Если что-то новое, то варианты отправляются на согласование старшим разработчикам. Русский или английский - я уже запускал тут опрос, можете посмотреть на результаты и аргументы. Конечно же труъ базаданщики скажут что только инглиш и у каждого из них уровень знания инглиша over С80, но как ни возьмешь крупный коммерческий продукт (за миллионы), так сразу видно... магазин у них - это shop (в контексте супермаркетов), что тут скажешь... Хотя сам продукт качественный. На мой взгляд, если у вас стек микрасофта и нет зоопарка из всяких экзотических или жутко православных и кривых модных продуктов, про которые пишут на хабре, и "вэба", то используйте любой из вариантов, который нравится, если не раздражает переключение раскладок (и пусть кидают в меня тапки). А если и понадобится подключить нечто подобное, сделаете вьюшку на понятном этому экзотическому зверю языке. Делать куб на инглише и потом прикручивать к нему транслейты - то еще извращение, особенно когда знание английского не самое лучшее. Пользователь скажет техподдержке: у меня подразделения в акциях не выводятся и иди потом ищи, как реально называется то, что пользователь видит в кубе под названием "Подразделение".
3. Где хранятся правила вычистки? напр., что все поступающие из 1С "Метёлки" заменять на "веники" и пр.
В основном в ЕТЛ, но некоторые вещи во воьюшках для конечных потребителей. Для куба например. В БД храним честно (как есть), а для куба подменяем/форматируем, по разным причинам. Эксель (определенных версий), например, иногда ведет себя неадекватно, когда установлен фильтр на элементах, в названиях которых есть кавычки.
4. Из скольких баз данных состоит ваше хранилище? всё никак не могу определиться с этим вопросом. типа, одна база для стейджинга, 10 штук - витрины, ещё одна для хранения пришедших данных в сыром виде, или не нужна она? или вообще всё в одной хранить? тогда сколько? у меня ж их там штук 100 будет, не меньше, т. к. просят самые разные области бизнеса анализировать, но какие-то общие измерения (сотрудники, города...) там универсальны для всех
В одной базе, но в разных схемах. Разделяем по тематикам: tgt, stg, какие-то специфические вещи, настройки, выгрузки из AD и прочие вспомогательные вещи, не имеющие отношения к основной деятельности предприятия.