Работать с BizTalk будет хорошо и стабильно, только надо отдавать себе отчечто это недешево. Также надо понимать что модель Hub`n`Spoke которую по умолчанию реализует BizTalk не эффективно применять при количестве систем 3 и меньше. Вопрос в задаче. Если у Вас стоит задача интеграции пусть даже 3 РАЗНЫХ систем, но Вы знаете что через полгода их будет 4 а еще через год 6 тогда выбор определенно стоит сделать в пользу BizTalk. Но опять же надо понимать что это будет недешево и в поддержке. Ибо найти себе в штат специалиста по BizTalk сложно. А учить своего на своей системе это экстремизм.