Кostas_11,

Вы немного путаете.
При запуске отчета BIP выполняется 2 шага:
- генерация данных "моделью данных", на выходе получаем XML
- применение XSL-трансформаций, определенных в шаблонах разметки, к XML с предыдущего шага.

Когда вы запускаете SQL-запрос на выполнение в Toad'е, то фактически имитируете действия 1-го шага.
Полагаю, что причина зависания в неоптимальном шаблоне разметки. Чтобы удостовериться в этом - попробуйте указать в свойствах отчета, что доступна выгрузка в формат "Data (XML)", и сформируйте отчет в этом формате вывода (рекомендую отключить опять-таки в свойствах отчета Autorun). Если результат формируется и выплевывается моментально, то однозначно проблема в шаблоне разметки.
Как его оптимизировать - отдельный разговор. Уводящий нас в сторону XSL оптимизаций...
Но если крайне примитивно:
- уменьшайте размер обрабатываемых данных: давайте короткие алиасы столбцам в SQL-запросе, тем самым минимизируя XML с данными;
- избегайте вложенных групп в XSL-шаблоне: for-each-group
- не используйте XPath обращения через "//", лучше указывать точный путь

Я пользуюсь XMLSpy, но он платный.
Попробуйте онлайн-ресурсы: http://www.freeformatter.com/xsl-transformer.html

Если вас удовлетворил CSV, то полагаю, что стоит в этот формат и выгружать. Он не требует шаблона разметки.