Что? Вложенный объект, который хранится в отдельной коллекции? Это как?

Давайте угадаю: вы хотите циклом пробежаться по некой коллекции, на основе каждого документа сформировать некий объект (массив), что вставить как embedded document в другую коллекцию.

Ответ: как я написал, так оно и делается. Осталось закодить. Вы на каком языке программируете?

А если вы хотите массив сделать свойством некого объекта, так сделайте.