EleanorРолг ХупинДа и хранение - в базе, традиционно, но тут надо определиться, а что - это не устраивает?
Они, например, и иерархию сделали через сахар+реализацию, очень неплохо.
Скорее всего пользователи ждали специализированное решение, увидев громкое название Graph Database - высокую производительность, запросы в несколько раз быстрее. Ожидания не оправдались.
10 – 15 percent performance advantage, как в ссылке выше... подозреваю, это не то, на что надеялся ТС.

Все работает хорошо, но возможно у ТС такие ожидания, которые не в состоянии удовлетворить ни один сервер баз.