oleg222,

Судя по всему у вас файл конфигурации, который вы отредактировали, не используется вообще:
2015-11-24T23:17:17.087+0300 I CONTROL [initandlisten] options: {}

По-умолчанию, если "dbPath" не указан, mongod использует /data/db.

Лог должен отражать список опций, использованных при запуске. Например (взято с моего инстанса, запущенного как "mongod -f config.file"):
2015-11-24T08:13:57.594+1100 I CONTROL [initandlisten] options: { config: "wt.conf", net: { port: 9088 }, storage: { dbPath: "/data/wt", engine: "wiredTiger" } }

oleg222DrGonzo,
Да, при запуске из консоли оно не подключает мой файл конфигурации, но включается на движке WT


Из тех логов, что вы предоставили, я вижу, что c WT запускается 3.2 (WT - дефолтный сторадж энджин в 3.2), файл конфигурации все еще не используется.

Запускается успешно, но остается висеть в foreground (т.к. fork опция не используется). Затем пользователь нажал Ctrl-C, что привело к закрытию приложения:

^C2015-11-24T23:17:31.314+0300 I CONTROL [signalProcessingThread] got signal 2 (Interrupt), will terminate after current cmd ends

oleg222DrGonzo,

Но, почему-то, если запускать через systemd то оно падает. (Когда в файле конфигурации поменять движок)

Нужно посмотреть лог mongod после того, как он упадет при запуске через systemd. Все то, что вы показывали до сих пор (логи mongod) - ожидаемо и нормально, учитывая что файл конфигурации не был указан.