Кто-нибудь обновлял реплику до 3.2?
Не совсем понимаю, что за даунтайм при обновлении протокола и зависит ли он от размеров БД?

автор
Upgrade the replication protocol.
Connect a mongo shell to the current primary and upgrade the replication protocol



Replica set failover is not instant and will render the set unavailable to accept writes until the failover process completes. This may take 30 seconds or more: schedule the upgrade procedure during a scheduled maintenance window.
https://docs.mongodb.com/manual/release-notes/3.2-upgrade/

Не было никакого даунтайма, после реконфига сразу всё заработало.