Поставил MySQL5.0.0a на 2 тестовых компа. Точно не помню, как и что я изменял в конфигурационном файле первого сервера, но после импорта таблиц в формате InnoDB, все таблицы с их индексами помещаются в отведенную для базы папку (в разные файлы - таблица в одном, индексы в другом), а ibdata1 файл как был 10Мб так и остался. Однако делаю туже процедуру на другом компе - все запихивает в один файл - ibdata1 (до 1Gb разросся). Все бы ничего, но скорость выполнения запросов у них серьезно разные. Хочу узнать какие настройки надо сделать, чтобы второй вервер преобразовать к первому.

Да, теперь файлы сохраняются в папке базы, но файл ibdata1 немного, но все же растет. Согласно справке данные и индексы храняться в одном файле (так и получилось), однако на втором компе индексы и данные таблиц храняться в разных файлах. На втором компе таблицы точно типа InnoDB. Скорость выполнения запросов на втором компе в 2,5 раза выше!!! (та же структура таблиц, те же индексы, те же foreign keys, те же данные).