В Windows считывание принятых по умолчанию параметров MySQL производится из следующих файлов:

windows-system-directory\my.ini
C:\my.cnf

Более подробно можешь узнать здесь
http://dev.mysql.com/doc/mysql/ru/Option_files.html

В Windows считывание принятых по умолчанию параметров MySQL производится из следующих файлов:

windows-system-directory\my.ini
C:\my.cnf

Более подробно можешь узнать здесь
http://dev.mysql.com/doc/mysql/ru/Option_files.html

есть такая штука как winmysqladmin.exe, вот она использует только my.ini, который лежит в windir, а так принципиальной разницы нет.
P.S. Сначала читай документацию, а если не поймешь потом спрашивай.
Для подробного описания зайди по данной мною ссылке

Удачи

Существует два файла опций с одинаковыми функциями: `my.cnf' и `my.ini'. Однако во избежание недоразумений лучше всего использовать только один из них. Оба файла представляют собой простой текст. Если вы собираетесь использовать файл `my.cnf', то его следует создать в корневом каталоге диска C, если `my.ini' - то в системном каталоге Windows (это обычно что-либо вроде `C:\WINDOWS' или `C:\WINNT'; его точное местоположение можно определить по значению переменной окружения windir). MySQL сначала ищет файл `my.ini', а затем `my.cnf'.

Если на вашем компьютере используется начальный загрузчик, в котором диск C не является загрузочным диском, то следует работать только с файлом `my.ini'. Инструментальная программа WinMySQLAdmin, если она у вас применяется, также использует только файл `my.ini' (файл помощи с инструкциями по использованию этого инструмента находится в каталоге `\mysql\bin').

http://dev.mysql.com/doc/mysql/ru/Windows_prepare_environment.html