Ну судя по тому, что у вас файл называется ibdata1 таблица у вас на движке InnoDB.
А эта зараза поднимает в buffer pool вообще всё что читает, включая ваши огромные TEXT поля. В сухом остатке - постоянное дрочево диска.

PHPMyAdmin тормозит именно поэтому, т.к. там запрос к таблице по-умолчанию идёт SELECT * и он вынужден переваривать при каждом перелистывании очередные несколько сотен мегабайт данных. Попробуйте сами не просто открыть таблицу, а написать селект без вашего большого поля - этот селект должен листаться без проблем.

Для начала стоит однозначно посмотреть настройки InnoDB (innodb_buffer_pool_size) по умолчанию он имеет совсем какие-то смешные настройки (8 Мб что-ли). Попробуйте выставить его хотя бы пару гигов, а лучше пять (это больше размера всей вашей базы, при оперативе 8 Гб - должно прокатить).

Потом стоит посмотреть на запросы, которые идут от приложения к этой таблице.
Везде где возможно исключить TEXT поле из запросов (то есть избавиться от запросов вида SELECT * FROM table).

Если текстовое поле у вас одно - возможно стоит выделить его в отдельную таблицу, сослав ее на основную таблицу по ключу.
Тогда запросы к базовой таблице у вас сильно ускорятся.

Как крайний вариант - возможно стоит рассмотреть вообще вынос хранения больших документов в файловую систему, а в БД хранить только ссылки. Тут конечно возникает вопрос индексации и необходимости поиска по этим документам.

А вообще, конечно, без более подробного знания о специфике приложения - всё это похоже на "лечение по фотогграфии" :)