Адеке1) Автоматизировать так если в первой базе изменяется структура чтобы автоматически изменилась и во второй?В общем случае это невозможно.
Ибо разница между структурами не говорит о том какие именно изменения произошли в этой структуре.

И в любом случае это неправильно. В обоих базах структура должна меняться из одного источника, например, одним скриптом.

Адеке2) Сделать процедуру где отображается разницы структур двух баз?Можно сделать дампы структуры обеих баз и тупо сравнить их текстовым сравнением.
В dbForge Studio for MySQL, насколько я в курсе, есть инструмент для визуального сравнения структуры баз.