INSERT INTO
  sku (id, product_id, is_active, sale_price, is_main_auto, size_code)
  SELECT
    id,
    product_id,
    is_active,
    sale_price,
    is_main_auto,
    size_code
  FROM sku
ON DUPLICATE KEY
UPDATE
  is_main_auto = (SELECT EXISTS(
      SELECT *
      FROM sku
      WHERE
        id = VALUES(id)
         /* тут я определяю что нет такого же sku с таким же размером, у которого уже есть признак is_main_auto === true  */
        AND !(SELECT EXISTS(SELECT *
                            FROM sku
                            WHERE
                              is_main_auto = true
                              AND id != VALUES(id)
                              AND product_id = VALUES(product_id)
                              AND size_code = VALUES(size_code))
        )
         /* Тут я определяю что текущая запись активна  */
        AND (SELECT EXISTS(SELECT *
                           FROM sku
                           WHERE
                             is_active = 1
                             AND product_id = VALUES(product_id))
        )
         /*  Тут я определяю что текущая запись имеет стоимость больше нуля */
        AND (SELECT EXISTS(SELECT *
                           FROM sku
                           WHERE sale_price > 0 AND product_id = VALUES(product_id))
        )
       /*  Тут я определяю что есть хоть один активный магазин с кол-вом этого sku больше нуля */
        AND (SELECT EXISTS(SELECT *
                           FROM store AS s
                             INNER JOIN sku_store AS ss ON s.id = ss.store_id AND quantity > 0
                           WHERE
                             s.active = 1 AND
                             ss.sku_id = VALUES(id)
        )
        )
  )
  );

INSERT ... ON DUPLICATE KEY UPDATE

INSERT INTO