Для начала - зафиксируйте состояние файловой системы (наличие каталогов служебной и проблемной БД, список и хэши/размеры файлов): при работающем, но не используемом демоне MySQL, после его остановки, после перезагрузки без старта демона, после перезагрузки со стартом демона. Это позволит определить, на какой хотя бы стадии информация уходит в никуда, и что именно происходит с файлами. Дальше уже эту стадию дробите на шаги, под пристальным мониторингом файловой системы.