насчёт дырок в перестановках...

тут можно схитрить...
вот у нас елементы и число для сортировки

а 10
б 20
в 30
л 110
я 111110

юзер хватает мышкой елемент Л и потащил его в верх, и когда В прыгнул в низ, то у В стало число 110, а у Л стало 30, тащит дальше, аналогично с Б обменялся значениями, и отпустил.
и пошол аджакс на обновления этого самого числа у трёх записей.

это как вариант. но всеравно лудше всётаки связный список делать.
тогда на сервер пойдет аджакс, что за В идёт Я (апдейт этой записи, за А идёт Л апдейт этой, и за Л идёт Б апдейт этой. (при блюбом перетаскивании надо обновить три строки.

вариант выше, это как минимум две строки, но обычно больше 3... хотя ведь не 1000.

вариантов действительно много , но все они будут крутиться вокруг дополнительного поля - порядок.