Akina,

oh my! 20 (тысяч упустил) мегабайт это конечно 18 гигов. Мне надо больше спать.

S_Gur,

18 гигов это много. Если мало памяти, то большие удаления из такой таблицы это боль обратно пропорциональная серверному железу.
Если нельзя надолго блокировать таблицу, то удалять только кусками со всеми вытекающими накладными расходами. Это это будет долго. Если можно заблокировать таблицу, то удаление сквозняком будет быстрее, чем все "пачки" суммарно.

Можно посчитать innodb_buffer_pool_size что бы меньше дергать диск при "пачковом" удалении.

И тут посмотреть https://mariadb.com/kb/en/big-deletes/

У вас InnoDB, что значит ваши delete идут в лог - читай вы записываете все то, что удаляете в другой файл на случай отката транзакции. Грубо говоря, вы удаляете 1 гиг - вы записываете 1 гиг на время удаления. Это надо место и оперативка, что бы было быстрее .

S_Gur,

"каждые 1000 записей в рамках одной транзакции, чтобы этот лог не разрастался"
Это означает перестройку индексов несколько тысяч раз для ваших объёмов. Еще неизвестно что дешевле выйдет.

на перспективу при больших удалениях проще делать зеркало копию таблицы и переносить туда insert-select то, что нужно, а потом грохать основную таблицу и переименовывать. Всяко меньше блокировок и логирования - меньше требования к железу. Все остальное это тюнинг и настройки, потенциально нарушающие работу всего сервера