У меня три виртуальных домена на nginx , которые работают с одной и той же БД (каждый пользователь имеет своего БД пользователя).

Я через SHOW FULL PROCESSLIST вижу, что пользователь от сайта 2 подключен к БД и выполняет запросы которых у него нет в скриптах.

Я понимаю, что тут можно сказать: - "Обращайтесь на сайты nginx or php-fpm" , но БД там тоже играет.
Обращение к БД идет по UNIX SOCKET-у.

Может кто сталкивался, как решали?

Есть Задачи на выполнение (очередь) и лог о выполнении.
Так вот происходит выборка всех данных принадлежащих user_id (user_id - одно из полей этой таблицы)