Речь о двух MySQL-базах, как я понимаю... они в рамках одного инстанса MySQL? разных на одном хосте? на разных хостах?

Тогда какие проблемы? На одном инстансе что таблица в той же БД, что в соседней - никакой разницы. Просто в имени таблицы надо обязательно, а не по желанию, указывать имя БД.

Всё, связанное с авторизацией, можно хоть оставить в нынешней БД, хоть вообще вынести в третью БД, и обращаться в неё и с сайта, и из админки. Были бы права у используемой учётной записи.

А вот заморачиваться с двумя БД и синхронизацией не вижу ну никакого смысла. Или нужно отложенное администрирование? хотя зачем бы, это ж не девелоперская среда...