А как MySQL определит, что конкретная ссылка нерабочая? Удалить из таблицы записи - это несложно. Вопрос в том, какой критерий, как узнать, что ссылка нерабочая? Если вы по URL можете сказать, что ссылка точно нерабочая, тогда можно что-то придумать. Но и то есть риск, что мы удалим рабочие ссылки, а это стыдно и нехорошо.

До меня дошло - у вас есть список нерабочих ссылок в файле, все 2000 штук?
Тогда
1) Создаете временную таблицу, скажем, temp_broken_links.
2) Загоняете ссылки в эту временную таблицу, а дальше можно будет уже и удалять.

где BrokenLinks.txt - ваш файл с нерабочими ссылками.
3) Пишем запрос на соответствие ссылок из временной таблицы и вашей phpshop_products, удаляем.

HAYK AVANESYAN,
Вы в принципе можете команду CREATE выполнить? У вас доступ к базе данных полный, как у администратора? Просто у вас могут отсутствовать права на создание таблиц.