Можно хранить, а можно и не хранить.
И там, и там свои плюсы и минусы.
Если в БД, то минус - большая БД будет со всеми вытекающими последствиями,
зато плюсов больше:
Легко средствами СУБД организовать правила ролевого и пользовательского доступа к файлам;
Файлы практически невозможно "грохнуть" при систематическом архивировании БД;
Файлы быстрее уходят клиенту;
Можно вести обработку файлов средствами СУБД.

В общем, всё зависит от решаемой задачи. Кто-то и музыку в БД хранит, а кто-то и мелкие текстовики на жестком диске.
Лучше оба варианта предусмотреть, а в процессе работы уже балансировку делать.