logoneу меня почему то
при открытии MySql 5.5 Command Line Client и MySql 8.0 Command Line Client
И ввода запроса SHOW DATABASES;

Выводятся одни и те же базы данных, которые находятся в папке C:\ProgramData\MySQL\MySQL Server 8.0\Data

При этом папка C:\ProgramData\MySQL\MySQL Server 5.5\data существует и в ней находятся базы данных 5-той версии, которые там раньше создавались

Почему так произошло?Вероятно, запущен сервер 8.0, который работает со своей директорий данных и Вы подключаетесь именно к нему.

Запущен ли сервер версии 5.5 - это вопрос открытый. В любом случае, два разных сервера не могут разом слушать один и тот же хост/порт или сокет, в таком случае запуск второго сервера закончится неудачей. Чтобы иметь возможность использовать два различных сервера, нужно их запускать с разными хост/порт/сокет и при запуске клиента выбирать нужный.
От версии клиентской библиотеки в данном случае ничего не зависит (старая версия может не вполне хорошо работать с новым сервером или может не поддерживать новые фичи, например).