vkleAlexSmithВопрос какой параметр в конфигах ковырять ?)В конфиге мускуля что-то вроде idle_timeout (или как-то так, там два параметра). По дефолту восемь часов было. Так что, если только специально не крутили, 2-3 часа оно должно перекрывать.

Только тут есть две странности.
1. Что за логика такая у этого скрипта-долгоиграйки, что за эти 2...3 часа мускуль нельзя ни перезагрузить даже - так выходит?
2. И оно ещё более странно, когда PHP умеет по требованию скрипта восстанавливать слетевшее подключение (только не всегда умеет инициализировать как хочется).

Длинную паузу как-то иначе обработать можно. Ушел на обед перешел надолго к вычислениям - закрыл подключение, вернулся с обеда навычислялся - открыл и записал данные.
хорошая мысль, подкорректирую скрипт. Что - то я упустил этот момент. Тогда вопрос можно считать закрытым и разрешенным. Всем огромное спасибо!