Hett,
Этот файл всего 26 мб, непонятно, что там лежит.
-rw-rw---- 1 mysql mysql 26M янв 31 16:08 ibdata1
Зато пишется в эти 2 файла в сутки не меньше терабайта.
Вот бы опцию такую в sql сервере, чтобы эти файлы в ОЗУ были.

Hett,
добавил nnodb_flush_log_at_trx_commit = 0
Особо лучше не стало.
Bytes Filename
------------------------------
6.19M /home/www2/mysql/ib_logfile0
2.19M /home/www2/mysql/ibdata1

А если закинуть эти файлы на рамдиск, скопировать туда и ссылки сделать в папку mysql?

ScareCrow,
Размер файла меньше 30 МБ. Объем данных в базах десятки ГБ. Это точно не данные. Может doublewrite какой-нибудь.
Есть опция, чтобы вынести логи н другой диск? Может какая-то опция для конфига my.cnf?

Похоже проблема решена. С такой нагрузкой мои SSD X300DC будут жить долго. Благодарю всех за обсуждение.
Помогло:
1). innodb_file_per_table
2). innodb_flush_log_at_trx_commit = 0
3). innodb_log_group_home_dir = /sqlcache/
4). innodb_doublewrite = 0
5). innodb_buffer_pool_size = 16G

Total DISK READ : 25.77 M/s | Total DISK WRITE : 1744.60 K/s
Actual DISK READ: 28.47 M/s | Actual DISK WRITE: 2.29 M/s

Hett,
Все, но особенно каждую таблицу в отдельный файл и вынос логов на рамдиск.
После отключения doublewrite больше не замечал запись в ~23 МБ файл ibdata1

miksoft,

mysql> SHOW GLOBAL VARIABLES LIKE '%flush%';
+--------------------------------+-------+
| Variable_name | Value |
+--------------------------------+-------+
| flush | OFF |
| flush_time | 0 |
| innodb_adaptive_flushing | ON |
| innodb_flush_log_at_trx_commit | 0 |
| innodb_flush_method | |
+--------------------------------+-------+