Нужно обновить счетчик у сообещения (message).
В запросе к сообщению джойним запись пользователя, чтобы узнать имя (для дальнейшей логики).
Делаем блокировку записи на чтение, чтобы избежать коллизий:

SELECT
messages.*,
users.name
FROM messages
LEFT JOIN
users ON users.id =messages.user
WHERE messages.id="1123"
FOR UPDATE

Вопрос вот в чем: заблокирована будет только запись message (id="1123") или еще и user в джойне?

Интересно, зачем так крайне неоптимально сделано - еще и напрягание связанных таблиц?

Пример понял, но он явно не из общей практики )
Я исхожу из такой общей практики:
1. Связей (полей-ссылок) как правило, очень много.
2. Запрос на чтение связанных данных обычно оптимизируется - джойнятся все необходимые данные по связям.
3. В логике приложения изменение происходит только записи из главной таблицы.
4. Если нужно изменение по связям - делаются отдельные запросы, опять же, с отдельными блокировками, которые действительно нужны.

Получается, в моем примере блокировать запись messages придется отдельным запросом, чтобы избежать бесполезной блокировки записей из тучи JOIN'ов
По ощущениям в MySQL какой-то принцип: "хапни все, либо ничего"

AkinaНе существует способа определить, какая из таблиц, отобранных в селекте, будет затем модифицирована апдейтом.

Вот именно, нафига мне все блокировать?
Блокировка - это лишняя нагрузка

По логике, неплох был бы JOIN FOR UPDATE )
Все вопросы бы решил