Во-первых, mysql умеет вот такую забавную вещь: http://dev.mysql.com/doc/refman/5.7/en/csv-storage-engine.html
Можно создать с таким storage engine таблицу, описывающую ваш файлик, выключить mysql, подменить файл данных, запустить mysql и работать с файлом без фактического импорта содержимого. (не уверен, надо ли даже выключать mysql при этом, но хуже не будет)
Индексов нет, но раз вам и надо-то всего пару запросов - seqscan'ом их возможно будет быстрее прочитать сразу, чем копировать всё и потом вешать индекс. Или insert .. select'ом скопировать только нужные данные в другую таблицу и потом вешать индексы.

Далее именно импорт. Самое быстрое - это load data infile, когда сама субд файл и читает и копирует и пишет в новую таблицу. http://dev.mysql.com/doc/refman/5.7/en/load-data.html Тоже специально для CSV-файлов. Оно же - нативная утилита mysqlimport
Ещё стоит учесть вот эту страницу мануала: https://dev.mysql.com/doc/refman/5.7/en/optimizing-innodb-bulk-data-loading.html