авторПосмотрел в slow-log там перед каждым запросом выполняется "SET timestamp=XXXX;". Откуда берётся для меня пока тоже не понятно.

Это, по-моему, вы в bin-log с помощью программы смотрите.
Там действительно имитируется установка timestamp, чтобы лог можно было прямо проиграть с помощью прямого выполнения.
Откуда вообще столько запросов такого типа "set option"?
Как избавиться от них или хотя бы сократить количество до разумного соотношения к остальным запросам?
Или такое считается нормой и так оно и должно быть?
Так сейчас так модно. Фреймворки делают то, что вы не ожидаете для вашего же блага.
Ну а если это мешает быстрой работе, сократить запросы можно, если перенести их в секцию init-connect. Если, конечно, логика приложения и фреймворка это позволяет.