Возможно, дубли или некорректные данные в файле.
http://dev.mysql.com/doc/refman/5.5/en/load-data.html LOCAL also affects error handling:

With LOAD DATA INFILE, data-interpretation and duplicate-key errors terminate the operation.

With LOAD DATA LOCAL INFILE, data-interpretation and duplicate-key errors become warnings and the operation continues because the server has no way to stop transmission of the file in the middle of the operation. For duplicate-key errors, this is the same as if IGNORE is specified. IGNORE is explained further later in this section.

Даниил ПакоvА какие данные в текстовом файле считаются некорректныНапример, дата в неверном формате. Или буквы вместо числа.
Даниил Пакоvи при чем тут дубли:?При том, что они нарушают (если они есть ,конечно) уникальные ключи. Без опции LOCAL загрузка будет остановлена на первом же нарушении. С опцией LOCAL нарушения будут проигнорированы, нарушающие данные не будут вставлены, но процесс продолжится со следующей строки в файле.

Цитирую, поскольку перенести сюда не могу по техническим причинам:Даниил ПакоvЛюди, еще раз о наболевшшем, почему конструкции load data in file по разному работают на сервере и на клиенте. Ситуация такая : загружаю файл 2 000 000 строк на клиенте ( load data local file) под windows загружаются все строчки, когда огтправляю файл на сервер (по ftp) и выполняю команду load data in file там загружаются строки не все...в чем может быть причина?
Тот топик удалил как дубль.

Даниил ПакоvТак значит load data infile (local) надежнее?Наоборот. С LOCAL легче получить мусор в загруженных данных.