Я использую такую же конструкцию, но вместо [""] использую NULL;

Далее в программе уже проверяю, задано ли значение или нет.

Пример на PHP (вы ведь можете использовать другой язык):
$json = dbh()->sel('`json`')->from($table)->where(...)->fetchColumn();

$json = json_decode($json, true); // я работаю с ним как с массивом, по этому пишу "true"
if(!$json) $json = array(); // если значение не задано, считаю объект JSON пустым.

В таком случае, скрипт будет работать и с записями, в которых в поле json записаны не json данные либо поле пустое.