Lumix http://www.codersrevolution.com/blog/MySQL-performance-INNER-JOIN-vs-subselect

попалась под руки статья, где чувак засовывая условия в джоин-секцию увеличил время запроса в 30 раз при объеме несколько сотен тысяч записей в одной таблице и несколько десятков тысяч в другой таблице.Там совсем о другом. Дело не в секции JOIN, а в том, что конструкция IN (SELECT ...) оптимизатором ошибочно всегда считается как зависимый подзапрос. В результате чего подазпрос выполняется столько раз, сколько раз нужно проверить условие IN, т.е. по числу записей. Во времена этот статьи все версии MySQL были подвержены этому багу. Исправлено только в версии 5.6.