1. Подскажите пожалуйста, как лучше хранить ФИО в базе MySQL? В одном поле или в трёх? Какие могут быть подводные камни? Или в каком случае выгоднее применить одно, а в каких случаях другое?

зависит от задачи.
если в бд ФИО будет только вводиться и храниться , то можно одним полем.
если надо хоть как-то обрабатывать составляющие имени поотдельности, то нужно хранить раздельно.
лучше чтобы не думать просто хранить раздельно.
Проблемы такие: не у всех есть отчество, также будут путать поля и вводить имя в фамилию, фамилию в отчество и так далее - нужен контроль ввода, но он непрост.

2. Делаю школьную базу данных, и хотелось бы подробную статистику сделать про каждого ученика.. У каждого ученика следующие оценки: Итоговая, За год (7 штук), За полугодия (7*2 штук), За четверти (7*4 штук), каждая оценка за четверть это средняя арифметическая из оценки критерия 1, критерия 2, критерия 3, критерия 4, критерия 5 (5*7*4 штук).. Число критериев может в будущем вырасти.. Вроде хочется в разных полях, но вручную прописывать всё это мне кажется многовато, и предчувствие есть что всё это будет жутко тормозить и какие-нибудь другие неприятности.. Или как то циклом можно? Или всё это сгруппировать в одно или несколько полей, типа "5555" (первая цифра - первая четверть и так далее)?


в одно поле ничего нельзя комбинировать.
никогда в бд нельзя комбинировать
несколько полей в одно, потому что 1НФ.
На счет твоих ожиданий по производительности - они наивны.

3. Логины и пароли в одной таблице с оценками, адресами, телефонами и другой информацией? Что посоветуете?

не понятен вопрос.

Arhat109Cygapb-007,

Всегда предпочитал справочники Фамилий, Имен ... :)

я вот недавно делал... ничего так, помогло...
Справочник букв тоже бы сделал, да времени на тестирование никто не даст...