Yednetwindне уверен что lock table достаточно для того чтобы все данные вытеснились на диск. потенциально это опасный метод.
вот flush tables with read lock, как это делают утилиты, точно работает.
Конечно, я "флюшу" таблицы, просто забыл написть!
Но, команда выше не поддерживается в MySQL 5.0 так что делаю последовательно - lock, flush для совместимости.

Но ведь нет такой команды flush table TTT with read lock; Только глобально - flush table s with read lock.
Вы делаете flush table и тут же запускаете вторую команду.
Значит у вас ненадежный способ, который в ваших условиях пока еще не давал сбоев.

Yed, А, понятно. Вроде должно работать.

хотя, конечно, из-за раздельного копирования может нарушиться связность данных в таблицах, но вас это не беспокоит, судя по описанию.