netwindну вот похожая проблема : https://forum.vestacp.com/viewtopic.php?f=32&t=5070
ситуация осложняется умной панелью vesta.

авторпроблема в том, что скрипт vst-install-ubuntu.sh вызывает update-rc.d mysql defaults, то есть ставит скрипт /etc/init.d/mysql в автозапуск. но в 14.04 запуском mysql теперь занимается upstart, который берет конфиг в /etc/init/mysql.conf (кстати, upstart запускает не mysqld_safe, а просто mysqld). соответственно запускается два процесса с одинаковыми настройками (из /etc/mysql/my.cnf) и первый лочит файл ./ibdata1, отсюда ошибка.
решение простое:
1) либо mv /etc/init/mysql.conf /etc/init/mysql.conf.off
2) либо update-rc.d mysql disable


может вы тоже нашли каких-нибудь мануалов и зачем-то в автозапуск mysqld прописали?
нужно просто ставить пакет и все.

нет, все чисто в этом плане, действую по правилу чем меньше программ, тем стабильнее система.

удалил всю базу, обнулил все файлы mysql, снова запустил. пока с ab нагрузкой полдня чисто вроде, посмотрим дальше...

chabapokтак оно еще иредко себя проявляет? да, плохи дела.

да, редко.

А может это связано с базой данных? Там 3 Gb данных innodb уже. Частично полечил также. Хотя на старом сервере вроде работает без сбоев.

limits.conf пусто, все по умолчанию.