Aliced,

Статистику можно посмотреть через SHOW STATUS:
http://dev.mysql.com/doc/refman/5.0/en/show-status.html

там полно циферек и буковок,
полезно еше:
yum install mytop

Варнинг про логи иногда вылезает если кто-то пихает
громадный текст или картинку в БЛОБ/КЛОБ/ТЕХТ поле.
Есть ли на сайте аплоад?

AlicedjavajdbcAliced,
Варнинг про логи иногда вылезает если кто-то пихает
громадный текст или картинку в БЛОБ/КЛОБ/ТЕХТ поле.
Есть ли на сайте аплоад?

А как можно сравнить среднюю длину строки в одноименных таблицах из разных баз? Из Information_schema.AVG_ROW_LENGTH сравнивала, в проблемной БД почти все поля даже короче.
Сравнивала длины таких полей из числа известных мне, все везде стандартно...

Ошибка может вылезти из парочки громадных записей,
можно попробовать что нибудь типа

select max(OCTET_LENGTH(blob_column))......
select max(LENGTH(text_column))

Вот несколько других обще-полезных запросов по размерам таблиц и индексов:

# get size of all databases.
SELECT table_schema "Data Base Name",
sum( data_length + index_length ) / 1024 / 1024 "Data Base Size in MB"
FROM information_schema.TABLES
GROUP BY table_schema ;

SELECT CONCAT(ROUND((t.data_length + t.index_length)/(1024*1024),2),' M') tbl_and_index,
CONCAT(ROUND((data_length)/(1024*1024),2),' M') data_size,
t.table_name, table_rows, AVG_ROW_LENGTH
FROM information_schema.TABLES t
WHERE table_schema = 'dev_us'
ORDER BY t.data_length + t.index_length DESC

# get 5 biggest tables.
SELECT CONCAT(table_schema,'.',table_name) AS Database_Tablename,
table_rows AS ROWS, CONCAT(ROUND(data_length/(1024*1024),2),'M') DATA,
CONCAT(ROUND(index_length/(1024*1024),2),'M') idx, CONCAT(ROUND((data_length+index_length)/(1024*1024),2),'M') total_size,
ROUND(index_length/data_length,2) idxfrac FROM information_schema.TABLES
ORDER BY data_length+index_length DESC LIMIT 5;

AlicedСпасибо всем, нашла в чем проблема....

И вам спасибо за хорошие вопросы :-)