авторне могу выяснить в чем проблема.
закрывал доступ к сайту для внешней сети - все бестолку.

Так надо было еще подождать пока в mysql отработают все запросы. Они же были запущены до того как вы закрыли доступ к сайту и сформировали большую очередь.

Такой вопрос с бутхы-барахты не решится. Вам нужен анализ производительности в целом.
Вы слишком мало данных собрали, чтобы можно было советовать на форуме. Я рекомендую запустить программу pt-summary, а потом и pt-mysql-summary, чтобы собрать данные в удобном виде и снять массу вопросов.

Сейчас вам еще напишут про "настройку параметров тюнером". Я крайне редко видел чтобы она помогала в критических случаях. А вот случаи когда настройка параметров вроде бы не нужна, но люди с наслаждением фиксируют какие-то якобы улучшения от тюнера - это постоянно. Отсюда и тяга к настройке.

linuxoid10, ну вы же как-то узнали про эти файлы. Вот в следующий раз при возникновении проблемы и соберите данных побольше.
Файлы эти содержат временные данные нужные для при обработки запросов.
Какой размер файловой системы в /tmp ? Сисадмин по заветам Фигурнова диск разбивал ? C: D: и E: и всего поменьше ?

linuxoid10, не вижу никакой новой информации и поэтому ничего нового не могу посоветовать.
Покажите сейчашний pt-summary и pt-mysql-summary.
Настройте мониторинг munin (это самое простое ПО в данном классе) ВСЕХ возможных параметров mysql и параметров системы, которые munin сам предложит.
Дождитесь возникновения проблемы.
Сами попытайтесь их проанализировать.
Если не получится - выкладывайте. Тогда обязательно будут идеи.

linuxoid10размер файловой системы 50 ГБ. а свободное 37 ГБ.
почему так малон ? надеюсь вы не пытаетесь называть сервером услуги VPS.

linuxoid10это не VPS.

это админ так настроил вначале.

да это ж Фигурнов !
Серьезно, зачем они это делают ? Частенько такое встречаю. То /var/log, то /tmp на 2г.
Сделали же специально в инсталляторе дебиан-убунту пометку single partition - recommended for new users. Нет, умничать начинают и все равно ошибаются при оценке использования разделов.

посоветуйте настройки mysql.cnf. может чего то не хватает
8Gb RAM, intel 3.33 GHz 4CPU.
тип базы innodb, размер примерно 3ГБ, основная таблица 2ГБ.
Для innodb весьма важно указать buffer pool size. Отдайте на этот буфер памяти сколько сможете, чтобы не унижать другие программы. То есть, хотя бы 2 гб.