>> 1. Организации могут быть международними и не
принадлежать к какой либо стране - Правильно ли хранить
связь в таблице если она может быть пустой?
А если нет то как?

я бы сделал специальную "Страну" -- "International"
и подвязал бы к ней все меж-государтственые организации.

(болшие) преимушества -- полнота связи и полнота проверки.

(небольшой) недостаток -- Интернатионал -- не настояшая страна,
возможно для уточнения придется добавить флаг --
"настоаяшая_страна" 1/0 (или 'Y'/'N').

>> 2. Есть еще 5 таблиц (Пример : News, Articles, Tenders и т.п)
которые могут принадлежать к одной из трёх таблиц(Countries ,
Organizations , Companies) - Как правильно хранить такие связи?

идеальных решений нет.

можно сделать одну большую таблицу "СВЯЗИ"
и в ней хранить Тип1 (News|Articles|Tenders), Ид1,
Тип2(Countries|Organizations|Companies), Ид2

Можно 3 отдельные таблицы для связок,

можно 9 таблиц для связок,

можно добавить 3 колонки внешних ключей в каждую
из таблиц News|Articles|Tenders.

можно добавить 2 колонки внешних ключей
Тип(Countries|Organizations|Companies), ИД в каждую
из таблиц News|Articles|Tenders.

Еше имеет смысл посмотреть что рекомендует фреймворк
на котором вы пишете клиента -- некоторые современые
фрейворки поддерживают такие гибкие связи.

DDeath,

1. посмотрите как Дянго советует хранить
такие связки. (я не в курсе)

2. Приведите пример стандартных запросов,
словами, а далее мыс вами построим 2-3 варианта.

Обычно все можно будет выташить одним запросом
при все вариантах. Надо хорошо разобраться с индексами.

Начните экспериментировать сами
Сам СКЛ будет не самуй простой, но ничего
сверхсложного.

Тут как раз Дянго может (я почти уверен в этом)
помочь генерировать сложные связки.