Если запускать mysql как службу, к примеру, при старте системы, то служба стартует без ошибок, но сайты и сам phpmyadmin говорит, что mysql отключен, проблему удается решить только если в cmd (от рута) написать mysqld --console, но постоянно так писать не хочется, в чем может быть проблема?

про какие логи вы говорили я не понял, но похоже, что проблема ясна, когда я устанавливал mysql из msi там спрашивали пароль, я какой то установил, но когда я его запускал через mysqld --console там пароля не было, но я устал каждый день писать эту команду, а когда стал запускать mysql как службу он выкинул мне вот это
Warning: mysql_connect(): Access denied for user 'root'@'localhost' (using password: NO)
То есть если заходить через mysqld то там пароля нет (при канекте к базе данных пароль пуст), а если же запускать как службу то кажется он запрашивает пароль который я установил при установке mysql на комп, как обнулить этот пароль? в my.ini посмотрел, там нет никакого пароля.