У меня похожая ситуация. На серваке установлена кодировка latin1. Даю комманду:
mysqldump --default-character-set=latin1 base > base.sql

База дампится в обычный cp1251 - отлично.

Далее заливаю SQL-файл на другой сервер, там в конфиге прописано:
[mysqld]
default-character-set = cp1251

Делаю:
bsd# ./mysql -p site < base.sql

Открываю базу в phpmyadmin, он показывает что тип таблиц cp1251_general_ci - тоже чудесно, но при попытке просмотреть в нем любую таблицу с русскими записями - там каракули, типа:
п·я-п¦я-я-п¦п¦п¦п+ я¦я+п¦я- п¦ п¦п¦п+п¦п¦ п¦п¦я¦ п...

Как быть?

Все, разобрался со своей проблемой, но возникла новая. Как мне на юникс-шелле сделать замену кодировки DEFAULT CHARSET=latin1?

Делаю:
cat site.sql | sed "s/ DEFAULT CHARSET=latin1//g" > site.sql

Удалять записи комманда удаляет, а вот кодировку русскую повреждает...