разделы              публикации                  комментарии
+ -------+--------+  +-------+-------+--------+  +--------+-------+----------+
 
| divid | title  |  | pubid | divid | title  |  | noteid | pubid |   text   |
+ -------+--------+  +-------+-------+--------+  |--------+-------+----------+
 
|     11  | title1 |  |     21  |  11     | title1 |  |      31  |     21  | bla bla  |
|     12  | title2 |  |     22  |  12     | title2 |  |      32  |     23  | bla      |
|     13  | title3 |  |     23  |  12     | title3 |  |      33  |     23  | b        |
+ -------+--------+  +-------+-------+--------+  +--------+-------+----------+
 

$divs=array( 11 , 13 );

#удаление комментариев
SELECT pubid FROM разделы WHERE divid IN($divs)
$pubs=[массив извлеченных из пред. запроса записей]
DELETE FROM notes WHERE pubid IN($pubs)

#удаление публикаций
DELETE FROM публикации WHERE divid IN($divs)

#удаление разделов
DELETE FROM divs WHERE divid IN($divs)