На пхп где нидь так наверное

.... конектимся и всякое такое......
$fd = fopen ("inputfile.txt", "r");
while (!feof ($fd)) {
if(($query = fgets($fd, 4096)) != '')
mysql_query ($fd, $link);
}
fclose($fd);

странно.... там вместо mysql_query ($fd, $link); должно быть mysql_query ($query, $link);