Господа !!! Да не будет (и не было) 1С заточенной под MySQL !!! Это такая политика 1С - все свои продукты затачивать под серверные решения майкрософт, так как 1С имеет скидки от них и прочие прелести - зачем им заморачиваться с чем-то ещо?
Если надо завязать 1С и Мускл - то, имхо, в Мускуль имеет смысл вынести регистры, а в модуле проведения документов через АДО делать движения.
Я проверил - выгрузил простейший регистр (Товар, Склад, "Количество") в МуСкл - на моей базе получилось 58000 записей - не так уж и много - и получение остатков на начало, конец, и приход/расход за весь период через АДО происходит за 2 секунды, средсвами 1С (объект "Запрос") - через 3 минуты. Причем это простейшая выборка, без условий. Если втыкать условие, которое не оптимизируется индексами (типа поиск на вхождение подстроки в названии товара) - то 1С-овский Запрос курит 8-10 минут, а через Мускуль - те-же две секунды...

>> можно ли делать импорт/экспорт данных между 1С и MySQL?
Можно.

>> Вообще реальная цель такая - периодически обновлять данные
>> на сайте на основе данных из 1С и наоборот.
Проверь для начала - есть-ли у тебя прямой доступ к серверу MySQL на сайте - если есть - то можно через АДО, если нету - то в 1С-е выгружать в какой-нить текстовый файл, а на сайте - скриптом обновлять.

>> Или может вообще есть формат данных самого 1С?
Никакого своего формата 1С не изобретала.