Очень похоже на грабли mysql_pconnect
Если у тебя так, то попробуй mysql_connect

Исходник покажь.
У меня все прекрасно работает вот так:
=================================
$hostname = "192.168.0.110:3896";
$username = "root";
$password = "password";
$dbName = "database";
$mylink = mysql_connect($hostname,$username,$password) or die ("Сервер базы данных умер!!!");
mysql_select_db($dbName,$mylink)or die ("База данных убита!!!");
$querystr = "CREATE TEMPORARY TABLE pricetmp (Kod CHAR(4) NOT NULL,".
"Price SMALLINT(5) UNSIGNED NOT NULL,".
"PRIMARY KEY (Kod))";
$result = mysql_query($querystr,$mylink) or Die("Запрос на создание временного табла обломился!");
$querystr = "INSERT INTO pricetmp SELECT Kod, Price".
" FROM zena WHERE Data<= NOW() ORDER BY Kod, Data DESC";
$result = mysql_query($querystr,$mylink) or Die("Запрос на выгрузку данных во временное табло обломился!");
и т.д.
=================================

Временные таблицы - они временные для единственного соединения - такова идеология. Если тебе нужно, что бы таблица жила - делай ее не временной, но с уникальным именем - и имя этой таблы передавай во второй скрипт через куки или ещо как-нить - и второй скрипт пускай ее после обработки и дропает. Но таблиц может расплодиться - до фига...