ilejnЕсть программный продукт под Linux, который использует mysql. Подразумевается, что mysql установлен в системе, но instance поднимается свой.
Грубо говоря, где-то есть startup.sh в котором написано mysqld_safe --datadir= ... --socket=... &
Из-за последнего '&' (а без него сложно) возникают проблемы с анализом ошибок запуска mysqld. К примеру, если плохо с правами записи в datadir, то mysqld_safe сразу завершится, но мы об этом не узнаем.

Это была преамбула.

А спросить я хотел, есть ли какой-то глубокий смысл в использовании mysqld_safe. В manual на него мы читаем
==
mysqld_safe is the recommended way to start a mysqld server on Unix and NetWare. mysqld_safe adds some safety features such as restarting the server when an error occurs and logging runtime information to an error log file.
==
Заглянув внутрь, видим довольно сомнительную эмпирическую логику, на тему выбора самой высокой версии mysql, установки приоритета и рестарта.

Это кому-то когда-то помогало?

конкретно по теме вопроса -- не в курсе.

неконкретно: многие скрипты так или иначе не синхронные,
что-то там запускают и отваливаются по &
Попробуйте сконцентрироватся на логах

http://dev.mysql.com/doc/refman/5.0/en/server-logs.html
возможно: /var/log/mysql.err